卫生证一般在卫生局办理，具体办理流程如下:

一、首先去工商部门领取《名称预先核准通知书》（确定你店的名字）

二、拿着《名称预先核准通知书》的原件和复印件以及别的资料（店面的房产证明文件以及租赁合同的复印件，身份证以及复印件等等），去当地县区级的食品药品监督管理局申办《餐饮经营许可证》（你说的卫生许可证是以前的规定了，现在是食品药品监督管理部门核发餐饮店的证件，卫生部门只负责公共卫生），营业执照上的经营者本人需要取得健康证，好像至少要2个人以上取得健康证，我这里办健康证是100元/个，办这个证件的费用，大概是几百块钱。此外，办理《餐饮经营许可证》耗时比较长，应尽早去办理，办《餐饮经营许可证》的费用各地都不同

三、办好《餐饮经营许可证》，去工商部门办理工商营业执照。
大概资料：本人证件相片、身份证和复印件、店面的房产证明文件复印件（土地证或者房产证等等），店面的租赁合同及复印件，《餐饮经营许可证》原件和复印件，材料齐全而且符合你那里工商局的要求的话，一般一周左右就能拿到，不是本地人的话，可能需要提供计生证明文件等材料。如果不知道去哪儿的工商局或者工商所，又或者是行政服务中心办营业执照，你可以问一下旁边的店铺的老板。

四、拿到营业执照30天内去地税、国税部门申办《税务登记证》，需要营业执照、房产证明文件、租赁合同、身份证以及复印件等资料，个体户一般缴纳的是定额税，国税和地税都是定额税个体户的定额税征订的标准有很多，不仅仅是经营项目，也不仅仅是店面的面
积，他是一个综合计算的结果。具体税额根据当地经济发展水平，你店铺所在路段，以及经营规模、经营项目、店铺的租金而定。各地的情况不同，所以很难说清楚究竟是多钱。 如果税务部门认定你的每月经营额低于5000元，那么就不用交国税，只需要缴纳地税，如果被认定每月经营额高于5000元，那么就要交国税和地税两种税了。

六、组织机构代码证的话，根据实际需要决定是否去当地县区级的质量技术监督管理局办理。需要的这个证的话，带上以下材料：营业执照正副本原件，身份证原件和复印件，去质监局办理

备注：

需要的材料：
1、当地工商所出具的个体名称预先核准通知书建始县卫生局；
2、负责人身份证；
3、房产证（或土地使用证）及租赁合同；
4、从业人员健康证，餐饮企业应有企业卫生管理制度；
5、水质检验合格证明（水质检测报告，如果是市政自来水，提供自来水的交费单据也可以）；
6、经营场所平面布局图，方位示意图；
7、当地药监局需要的其他材料。